プロテインスキマーを使用すると、亜硝酸塩、硝酸塩の蓄積スピードが遅くなり水換えの回数が減ります。汚れた水を放っておくと、海水の生物は病気になったり、死んでしまったりします。また、海水の生物たちはとってもデリケートなので、急な水換えでも環境の変化についていけずに命を落としてしまうことも多いのです。（水換えの際は全体の水の３分の１以下にしましょう。週に１〜２回は水換えが必要です）
プロテインスキマーは海水魚が食べ残したエサやフン、また魚の死骸などが、バクテリアに分解される過程で発生するアンモニアや亜硝酸塩などの物質をろ過してくれます。海水魚やサンゴにとって、アンモニアや亜硝酸塩は非常に有害な物質です。プロテインスキマーを設置することで分解された物質が有害物質になる前のタンパク質・脂質・炭水化物の段階で取り除かれるため、海水の水質悪化を最小限に抑えることが出来ます。プロテインスキマーは海水用なので淡水で使用することは出来ません。
プロテインスキマーには、直接水槽に引っ掛けて使用する外掛け式（ハングオンタイプ）、ろ過槽を持つオーバーフローシステムに使用する内部式、ろ過槽を持たない水槽やろ過槽内に設置するスペースが無い場合に使用する外部式があります。
